您申请请假一天未通过却被按旷工扣三天工资的问题，核心在于公司的扣薪行为是否合法。以下为您分析不同情况的处理方向：公司按旷工一天扣三天工资的行为大概率不合法，您有权要求公司返还多扣的工资。1.若您的请假申请符合公司规定程序（如提前提交书面申请、说明合理理由），公司无正当理由不批准：此时公司认定您旷工并扣薪无依据，您可要求公司补发多扣的工资。2.若您未按公司规定程序请假（如未书面申请、未提前通知）：需先确认公司规章制度是否明确规定此类情况按旷工处理，且该制度已向您公示；即便构成旷工，扣三天工资也可能因“克扣工资”违反法律规定。3.若公司规章制度中无“旷工一天扣三天工资”的明确规定：公司的扣薪行为属于无故克扣，您可直接要求公司返还。
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您的情况可能存在以下法律风险，需特别注意：1.证据链不完整的风险：例如您仅口头申请请假，未留存书面或电子记录，公司可能否认您提交过请假申请，导致您无法证明“已按程序请假”，进而维权失败。2.超过仲裁时效的风险：若您在知道公司扣薪后未及时维权，超过一年仲裁时效，劳动仲裁委员会可能驳回您的申请，您将无法通过法律途径追回被克扣的工资。
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处理请假未通过被克扣工资的问题时，需避免以下常见错误操作：1.拒绝沟通直接离职：若因扣薪直接离职，可能无法主张经济补偿，且不利于后续维权；应先通过合法途径要求公司补发工资，再根据情况决定是否离职。2.未保留关键证据：若未留存请假申请记录、工资条等证据，后续投诉或仲裁时可能因缺乏证据无法胜诉；需及时收集并备份所有相关材料。3.超过维权时效：劳动争议仲裁时效为一年，若超过时效再申请仲裁，可能丧失胜诉权；应在知道扣薪之日起一年内及时维权。如果您不确定自己的操作是否正确，或需要帮助分析证据效力，欢迎进一步向我们咨询。
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以下特殊情况可能影响您的问题处理，需结合实际分析：1.公司规章制度经合法程序制定且已公示：若公司规章制度明确规定“旷工一天扣三天工资”，且该制度通过职工代表大会讨论、向您公示过，虽然扣薪比例仍可能违反法律规定，但公司可据此主张扣薪有制度依据，增加您维权的难度；此时需重点论证制度内容违反《劳动法》的强制性规定。2.您的请假理由不符合公司规定：例如公司明确规定“非紧急情况需提前3天请假”，您仅提前1天申请，公司不批准有合理理由；此时需先确认公司的请假理由要求是否合理，若公司要求明显不合理（如无紧急情况却要求提前一周），仍可主张公司不批准违法。3.您因紧急情况（如突发疾病）未及时请假：若您因突发疾病无法提前申请，事后已补交请假材料并提供医院证明，公司仍按旷工处理扣薪，您可主张“不可抗力”或“合理事由”，要求公司撤销扣薪决定。

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